酸奶菌的储存要求非常严格，对于储存温度来说至关重要，为保证菌种的活力，要求储存温度为零下18摄氏度以下，使菌种处于休眠状态。对于打开未使用完的菌种，进行无菌操作将其密封，并且尽快用完，建议24小时内使用。酸奶菌使用方法为将酸奶菌中加入纯牛奶后八九个小时即可饮用。