灭菌程度不同、微生物指标不同、主要用途不同。

1、灭菌程度不同：虽然两者都是在无菌车间生产的，但灭菌型口罩的灭菌程度和标准会远远大于非灭菌型，且生产灭菌口罩车间的无菌级别会高于非灭菌型。

2、微生物指标不同：一次性灭菌型口罩和非灭菌型口罩都属于一次性医用口罩，都是按照YY/T 0969的规定生产的，但两者对口罩的微生物指标有所不同，灭菌型口罩要求无菌，而非灭菌型口罩只是对微生物有限度要求。

3、主要用途不同：非灭菌一次性口罩通常指的是普通的防尘口罩，这种口罩在工厂车间使用的比较多，平时遇到雾霾天或大风天气，也可以佩戴这种口罩进行防护，而灭菌口罩在医院使用的比较多。