1、发酵食品，酸奶、腐乳等发酵后具有独特的风味且更易吸收酒、酱、油醋。

2、防腐，通过有益微生物的繁殖抑制有害微生物繁殖。

3、利用微生物自身优势生产食品添加剂或功能保健品。

4、菌体作为食用。

5、微生物分解产物和其他食品混合作为食品。