在细胞周期过程中，核仁是一个高度动态的结构。在有丝分裂期间表现出周期性的消失与重建。细胞分裂时，核仁消失，分裂结束后，两个子细胞分别产生新的核仁。核仁是一种动态结构，随细胞周期的变化而变化，即形成——消失——形成，这种变化称为核仁周期。

在细胞周期中，核仁进行分离和重新聚合的过程。当细胞进入有丝分裂时，核仁首先变形和变小；其后染色质凝集和停止核糖核酸合成，包含有核糖体RNA基因的DNA袢环逐渐收缩回到相应染色体的核仁组织区；核膜破裂进入中期，这时核仁消失；在有丝分裂末期时，核仁组织区DNA解凝集，rRNA合成重新开始，极小的核仁重新出现在染色体核仁组织区附近。核仁的重建过程与原有的核仁组分的协助和参与有关。核仁形成的分子机理尚不清楚，但需要rRNA基因的激活。