墨玉县有1个镇和15个乡。墨玉县位于新疆维吾尔自治区西南部，东以喀拉喀什河为界与和田县、洛浦县相望，西临戈壁与皮山县接壤，南抵喀喇昆仑山北麓，北入塔克拉玛干大沙漠与阿瓦提县相邻。

墨玉县地势南高北低，海拔在1120-3600余米之间，南部为山腰起伏山区，中部为洪水冲积扇平原，墨玉县的气候属暖温带干燥荒漠气候，四季分明，夏季炎热，干燥少雨，春季升温快，秋季降温快，降水量稀少，光照充足，无霜期长，昼夜温差大。