伊斯兰教是公元10世纪末及11世纪初喀喇汗王朝时期传入新疆的。伊斯兰教首先由喀喇汗王朝入喀什噶尔，继而入叶尔羌、和阗。从公元12世纪到公元13世纪初，伊斯兰教逐渐从喀什、和阗地区向阿克苏、库车等地发展，从吉木萨尔到喀什噶尔的大片土地，已成为伊斯兰教区域。

伊斯兰教分逊尼派和什叶派两大教派，中国主要是逊尼派。在回族、维吾尔族、塔塔尔、柯尔克孜族、哈萨克族、乌孜别克族、塔吉克、东乡族、撒拉族、保安族等少数民族2000多万人口中，大多数信仰伊斯兰教。在其他的汉、满、蒙古、藏、傣等民族中也有信仰者。中国穆斯林大多数聚居在宁夏回族自治区、甘肃、青海、河南、云南、新疆维吾尔自治区等省和自治区，其他各省、自治区、直辖市也有分布。