1、佛教，公元前1世纪，佛教经克什米尔首先传入新疆于阗。不久，又经中亚传入疏勒。此后佛教沿着丝绸之路南北两道传播到且末、若羌、莎车、叶城、库车、阿克苏、焉耆、吐鲁番、哈密等塔里木盆地周围各个绿洲。佛教距今已有两千五百多年，是由古印度迦毗罗卫国王子乔达摩悉达多所创。

2、祆教，在公元前4世纪前后，祆教传入新疆。琐罗亚斯德教是在基督教诞生之前在中东最有影响的宗教，是古代波斯帝国的国教，也是中亚等地的宗教。是摩尼教之源，在中国称为祆教。中国史称祆教、火祆教、拜火教。

3、摩尼教，摩尼教约于六至七世纪传入我国新疆地区，复由新疆传入漠北之回纥，而盛行于该地。又作牟尼教，发源于古代波斯萨珊王朝，为公元3世纪中叶波斯人摩尼所创立，受基督教与伊朗祆教马兹达教义所影响，是一种带有诺斯底主义色彩的二元论宗教。