南京财经大学研究生教育始于2004年，经过十多年的发展，研究生规模不断扩大，目前具有经济学、法学、文学、理学、工学、管理学等多个硕士学位授予门类。学校拥有硕士生导师450余名，在校研究生2300余人。2013年学校《现代粮食流通产业发展与政策人才培养项目》通过国务院学位委员会审批，开始招收应用经济学一级学科博士研究生，目前在校博士研究生16人。至此，我校基本形成一个从硕士到博士，从学术型到应用型，从全日制到非全日制MBA、MPA、MPACC等多层次的完整的研究生教育体系。

2017年10月，成立南京财经大学研究生院。截至2017年10月，我校共授予博士学位4名，硕士学位4489名。