鸭蛋由外而内，可分为卵壳、卵黄、胚盘等多层结构。其中，卵壳由内层卵壳膜、气室、外层卵壳膜、真壳、护膜构成。上有气孔，在高倍镜下观察，气孔为椭圆形。孔道似漏斗状，从外向内越来越窄。卵白不仅富含蛋白质、氨基酸及维生素，还含有镁、钠、铁、磷等多种矿物质。

加工松花蛋时，会将纯碱、石灰等碱性物质涂抹在鸭蛋表面。一段时间后，氢氧根离子经蛋壳上的小孔进入鸭蛋内部，和蛋白中的氨基酸及矿物质产生反应，生成氨基酸盐，结晶析出，就形成了漂亮的“松花”。