区别在于所属机构不同。通常意义上单位指国有公司或者政府独立的行政机构；部门指构成公司的单元或行政机构内部的单元。

单位，指机关、团体或属于一个机关、团体的各个部门;指数学方面或物理方面计量事物的标准量的名称，一般有:米(m)、千米(km)、牛(顿)N、帕(斯卡)Pa等单位;在佛教传统意义上讲单位，特指长度、质量、时间等的定量单位，也有专门的术语如:刹那、一瞬、弹指、须臾等。准确的说，单位就是将一定数量物质的集合规定为"1"，成为一个单位。