碳四化合物一般是指草酰乙酸OAA，在线粒体和叶绿体里穿梭机制不同。

线粒体：

苹果酸穿梭系统：此系统以苹果酸和天冬氨酸为载体，由苹果酸脱氢酶和谷草转氨酶催化。草酰乙酸和还原态氢结合生成苹果酸，进入线粒体。单独的草酰乙酸进不去。

叶绿体：

二羧酸转运载体是叶绿体内膜中一个重要的转运蛋白，它能够交换含有两个羧基的酸，如苹果酸、琥珀酸、草酰乙酸、延胡索酸 、谷氨酸和天冬氨酸等，并且也是一对一的交换、即从叶绿体基质中输出一个二羧酸，同时从细胞质中输入一个二羧酸。