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首都医科大学研究生院正式成立于2003年，但首都医科大学研究生教育历史可追溯到1979年。 首都医科大学于1979年开始招收研究生。经过20多年的努力，首都医科大学研究生教育得到长足的发展。

首都医科大学共有3个博士学位授权一级学科、可在42个学科授予博士学位，6个硕士学位一级学科全面覆盖医学门类下所有学科，可在85个学科授权硕士学位，覆盖了医学、工学、理学、教育学与管理学五大门类。