蓝藻有类囊体，它们属于细胞内膜。细胞膜和细胞内膜构成生物膜系统，淡由于蓝藻细胞内膜简单，所以，蓝藻细胞没有发达的生物膜系统，其生物膜系统极其简单。

蓝藻和具原核的细菌等一起，单立为原核生物界。所有的蓝藻都含有一种特殊蓝藻的蓝色色素，蓝藻就是因此得名。但是蓝藻也不全是蓝色的，不同的蓝藻含有不同的色素，有的含叶绿素，有的含有蓝藻叶黄素，有的含有胡萝卜素，有的含有蓝藻藻蓝素，也有的含有蓝藻藻红素。红海就是由于水中含有大量藻红素的蓝藻，使海水呈现出红色。

蓝藻是单细胞原核生物，又叫蓝细菌、蓝绿菌、蓝藻或蓝绿藻，或称为蓝菌门。虽然传统上归于藻类，但近期发现因为没有核膜等等，与细菌非常接近，因此现时已被归入细菌域。蓝藻并不是绿藻。蓝藻是一类藻类的统称，其标志便是单细胞、没有以核膜为界限的细胞核。常见的蓝藻有蓝球藻、念珠藻、颤藻、发菜等。