微生物的生物氧化可以分为三种形式：呼吸、无氧呼吸和发酵。呼吸和无样呼吸的本质是一样的，底物脱氢后电子经过呼吸链产能，能量来源主要是氧化磷酸化。只不过无样呼吸电子传递给了氧化性的外源物质如硝酸盐、硫酸盐等。

发酵是电子不经过电子传递链，直接交给代谢中间物，如丙酮酸，主要靠底物水平磷酸化产能。