李贽的整个哲学体系的中心是主观唯心主义的。

李贽认为“真心”、“童心”是最根本的概念，是万物的本源。自然界是我妙明真心的一点物相。

李贽用主观唯心主义作为反对以客观唯心主义为基础的程朱理学的理论武器，削弱自身的战斗力。 李贽以“生知”说反对神化孔子，从认识能力，认识来源的角度来否定认识正确与否要以孔子为标准的传统思想，具有解放思想的进步作用，但以“人人生知”反对“圣人生知”说，其认识论方面的局限和缺陷是不可忽视的。

在理学占统治地位的明代，李贽将矛头直指封建礼教和整个正统思想，强调个性发展，思想具有鲜明的封建叛逆色彩和战斗精神。从历史的进程看，李贽的思想无疑是进步的，是更加利于独立自由和思想解放的，也是反封建的。