1、部分会计科目不同：如工业会计使用的科目而商业会计没有的科目：产成品、生产成本、制造费用、辅助生产、成品等科目。

2、成本核算方法不同：工业企业注重的是生产过程，也即是生产成本的控制核算；而对于商业企业主要是流通环节主要针对入库、出库、期末进销差价的核算问题。

3、工业和商业会计相比，商业会计简单。

4、企业进行“进销差价”科目的核算，工业企业进行成本核算。

5、商业企业的税负率要低于工业企业。

6、进销差价的核算，工业企业成本核算里没有这一核算。

7、库存商品来源不同，工业企业库存商品是通过采购材料经过生产加工成产成品再销售，商业企业库存商品是采购而来直接销售。工业会计是以工业企业为会计主体的一种行业会计。商业会计是以商业企业为主体的一种行业会计。