载体蛋白和通道蛋白都是细胞膜上运输物质的载体。但载体蛋白既包括主动运输的蛋白质，也包括协助扩散的蛋白质。而通过蛋白只是协助扩散的蛋白质。

载体蛋白又称做载体、通透酶或转运器。能够与特异性溶质结合，通过自身构象的变化，将与它结合的溶质转移到膜的另一侧。载体蛋白，是多回旋折叠的跨膜蛋白质，它与被传递的分子特异结合使其越过质膜。其机制是载体蛋白分子的构象可逆地变化，与被转运分子的亲和力随之改变而将分子传递过去。

通道蛋白是衡跨质膜的亲水性通道，允许适当大小的离子顺浓度梯度通过，故又称离子通道。通道蛋白是一类横跨细胞膜,能使适宜大小的分子及带电荷的分子通过简单的自由扩散运动,从质膜的一侧转运到另一侧的蛋白质。