1、创立基础不一样：黄教是藏传佛教格鲁派的俗称，由宗喀巴大师以噶当派为基础创立；红教则是藏传佛教宁玛派的俗称，宁玛意为“古旧”，由莲花生大士传来而得名。

2、重视不一样：黄教注重戒律，对显宗密宗同样重视；红教尤其重视“伏藏”。

3、制度不完全一样：黄教实行活佛转世制度，最著名的像班禅大师、达赖喇嘛、帕巴拉活佛；红教修行者红衣红帽，可以娶妻生子。

4、地位不一样：黄教自明清之际直到民主改革前，一直是西藏地方的执政教派；红教寺院分布散布四方，远至西欧北美。

格鲁派（黄教）是中国藏传佛教宗派。藏语格鲁意即善律，该派强调严守戒律，故名。该派僧人戴黄色僧帽，故又称黄教。创教人宗喀巴，原为噶当派僧人，故该派又被称为新噶当派。是藏传佛教中最后出现的教派，因护法王固始汗推翻噶举派藏巴汗而成为最大的一个教派。教法包容显密二宗，强调先显后密，循序渐进，学不躐等。其学经制度严密系统，考核升迁章法严密。

宁玛派（红教）是藏传佛教四大传承之一，相对于以后的其他三大传承它是旧派。宁玛一词的意思为“古”或“旧”，宁玛派即古派或旧宗派，是藏传佛教各教派中历史最悠久的一个教派。这一派别没有寺院，组织涣散，也没有系统的教义，更没有完整的僧伽制度，以印派佛教为师，这一教派开始时是没有名字的，直到后来其它一些教派产生，才由于它的特征而被称为宁玛派。