如果协议有明确条款说明盖章后生效，但只有法人代表签字，没盖公章，协议还不能生效。没有这个盖章后生效的条款，双方有法人代表签字，没盖公章，协议就已经生效。

合同的生效是指已经成立的合同在当事人之间产生了一定的法律拘束力，也就是通常所说的法律效力。合同的成立与生效常常是紧密联系在一起的。当事人订立合同的目的，就是要使合同产生拘束力，从而实现合同所规定的权利和利益，如果合同不能生效，则合同等于一纸空文，当事人也就失去了订约目的。

法律依据：

《民法总则》第六十一条，依照法律或者法人章程的规定，代表法人从事民事活动的负责人，为法人的法定代表人。法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。法人章程或者法人权力机构对法定代表人代表权的限制，不得对抗善意相对人。