上海海事大学商船学院其前身可以追溯到1909年南洋公学船政科吴淞商船专科学校。1995年4月，航海系、轮机系合并组建商船学院。

现设有航海系、轮机工程系、航运仿真技术教育部工程研究中心、航海科学研究所、中法联合伽利略系统与海上安全智能交通研究所、上海国际海事研究中心以及上海海事大学—挪威船级社国际合作中心。有载运工具运用工程、交通信息工程及控制、轮机工程3个博士点；载运工具运用工程、轮机工程、交通信息工程及控制、制冷与低温工程等4个硕士点；船舶与海洋工程、交通运输工程2个工程硕士点；航海技术、轮机工程、船舶电子电气工程、热能与动力工程、能源工程及自动化、海洋管理6个本科专业。