词义上没有区别，习惯上“湮灭”更常用，“湮灭”也比“淹灭”更书面语。

淹没：

1、沉溺;浸没；

2、埋没；

3、泯灭，消失，隐没；

4、掩盖;遮盖。

湮没：

1、埋没；

2、一种粒子与其反粒子相遇时，会同时消失而转化为另一种粒子的现象。如：电子和正电子相遇会转化为一对方向相反、能量相等的光子，这种情况就可以说是湮灭。