1、定位不同：创业板是专为暂时无法在主板市场（包括主板和中小企业板）上市的创业型企业提供融资途径和成长空间的证券交易市场；新三板则是给无法上市的企业提供股份融资的市场。

2、市场类型不同：创业板为深圳证券交易所下属的板块，属于场内市场；新三板则独立于沪、深交易所以外，属于场外市场。

3、发行股票的门槛不同：企业在创业板发行股票的门槛要高出新三板等多。

4、投资门槛不同：两者都需要有两年的股票交易经验，但是在资金条件上，创业板为10万，而新三板最低为100万。