1、给作物可利用的营养，减少化肥用量，节约成本。施用微生物菌肥的同时还可节省约百分之三十的化肥施用量，因而在取得良好营养效果的同时，还最大程度的节约了施肥成本。

2、提高作物产量，改善作物品质，高品质效益好。施用微生物菌肥的作物与未施用的相比，取得的经济效益非常可观。

3、培肥地力、活化土壤、减轻污染效果显著，微生物菌肥并且用法简单多样，可作底肥也可追肥，从农业的长远、可持续发展来看，应该加强微生物菌肥的推广和宣传工作。