细胞质基质中没有DNA，DNA只存在于两个地方，细胞核内和线粒体基质里。细胞质基质除了有各种细胞器，能发现的核酸就只有负责蛋白质翻译的tRNA和mRNA。

细胞质是细胞质膜包围的除核区外的一切半透明、胶状、颗粒状物质的总称。含水量约80%。细胞质的主要成分为核糖体、贮藏物、多种酶类和中间代谢物、各种营养物和大分子的单体等，少数细菌还有类囊体、羧酶体、气泡或伴孢晶体等。