1、指代不同：科目按事物的性质划分的类别（多指关于学术或账目的）。课目是课程的项目。

2、语法不同：科目主谓式；作谓语、宾语、定语。课目联合式；作主语、宾语、定语。

3、出处不同：科目是丁玲 《母亲》：“学堂里科目是很多的，国文，修身，地理，历史，总有十几门。”课目是吴组缃 《山洪》三一：“猎户队集合，有两个课目，一个是关于新兵器的知识，一个是战斗教练。”

科目：

教学科目也称科目。教学中将一定的知识和技能范围划分为各个单位。如中小学的语文、数学、物理、音乐等；高等学校心理学系的普通心理学、儿童心理学、教育心理学等。小学一般有语文、数学、英语、科学、自然、社会、美术、音乐、体育、根据地方可能还有其他科目。这些东西就像砖头，给后来的建设奠定基础。初中一般会加政治、历史、地理、生物、物理、化学。这些像设计图纸，给以后的人生定计划。高中的学科就会分必修和选修，这些像好比开始建设（基本的性质已定型）。大学的就是专功，好比建设后的装修。毕业后会取得学士学位。研究生（硕士）和博士是少数人愿意做的，在建设中也就是二期工程，建设后的宣传，人生也会因此而有意义。