结婚证掉了的离婚程序如下：

曾经办理过结婚登记，但结婚证丢失的，补办结婚登记，双方可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者其中一方常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。婚姻登记机关对婚姻登记档案进行查证，确认属实的，补发结婚证。

补领结婚证以后，如果双方能对离婚事宜达成一致意见，可以到原办理婚姻登记的机关或者其中一方常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记，如果不能就离婚事宜达成一致意见，只能到人民法院诉讼离婚。

如果另一方不配合去补领结婚证，可以持户口本、身份证去原婚姻登记机关要求出具婚姻关系证明，然后到人民法院诉讼离婚。

如果结婚时间年岁太久，查找不到当时的登记资料的，婚姻登记机关不会出具证明，这种情况，只能诉讼离婚。立案时可以提供单位、派出所出具的证明材料。

如果另一方将结婚证藏匿，去开具婚姻关系证明时不要说是被藏匿，告诉工作人员说结婚证丢失。