从食品的生产过程看，牛奶中微生物超标，有可能是以下原因：

1、原料中微生物数量过多；生产过程中无法全部杀灭。

2、生产过程污染；如车间环境、生产设备、生产操作人员的卫生情况、半成品在车间内部或厂内移动过程中的防护等。

3、杀菌不完全；如杀菌温度过低、时间太短，杀菌后又受到二次污染等。

4、包装物污染；包装前对包装物没有进行清洗消毒，或清洗消毒不严格。

5、贮藏和运输污染；贮藏和运输环境和条件不能做到密闭、无菌或低温。