恩科状元是指科举制度中于正科外皇帝特恩开科取士，然后获得了第一名的人。宋代有赐出身之恩例和“特奏名”。开宝三年（970）、太平兴国二年（977），宋太祖、宋太宗分别赐参加省试、殿试落第十五次、十次以上者“出身”。咸平三年（1000），又许举人年高而屡经省试或殿试落第者，遇殿试皇帝亲策士时，由礼部另立名册奏上，参加附试，称“特奏名”。是为恩科之嚆矢。

恩科始于宋，明、清亦用此制。清代于寻常例试外，逢朝廷庆典，特别开科考试，也称“恩科”。若正科与恩科合并举行，则称恩正并科。