主要成分不同：碘酒主要成分中含有酒精，酒精对人体皮肤的刺激比较大，如直接涂抹在伤口处，会有疼痛感。碘伏中主要成分是水，对皮肤刺激性比较小，用于皮肤伤口、黏膜处不会产生强烈反应。

用途不同：碘酒用于注射前或者手术前消毒，也可以用来进行大面积消毒。碘伏在使用范围上比碘酒更广泛，也及渐渐替代碘酒。

碘酒是碘和碘化钾的酒精溶液，碘酒就是碘酊。碘酊的消毒能力和腐蚀能力比碘伏强，所以在使用碘酊也就是碘酒之后需要用酒精进行脱碘，所以只能用于小面积的皮肤消毒，不能用于黏膜的消毒，而且不能用于大面积的消毒，容易对皮肤引起腐蚀。

碘伏属于中效的杀毒剂，可以用于皮肤及黏膜的消毒，但杀毒的效率没有碘酊强。但是由于刺激性比较小，临床上的运用比较广泛。