月薪40000扣除个人所得税算法如下：

1、应纳税所得额=工资收入金额－各项社会保险费－起征点(5000元)

2、应纳税所得额=40000-0-5000=35000

3、应纳税额=应纳税所得额x税率－速算扣除数

4、应纳税额=35000x25%-2660=6090

【法律依据】

《个税法》第九条规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。