耐药菌株是指经过长期的抗生素选择之后出现的对相应抗生素产生耐受能力的菌株。

随着抗生素的广泛使用，耐药菌株已成为引起临床感染较为常见的病原菌。特别是医院内耐药菌株的感染使病死率大幅增加，其治疗已成为临床上的难题。

目前临床常见菌株有革兰氏阳性菌、耐甲氧西林葡萄球菌、青霉素耐药的肺炎球菌、万古霉素耐药的肠球菌、革兰氏阴性菌、铜绿假单胞菌、大肠杆菌、耐氟康唑的念珠菌等。