1、性质不同：低聚糖是一种新型功能性糖源。多糖是由糖苷键结合的糖链，至少要超过10个的单糖组成的聚合糖高分子碳水化合物。

2、特点不同：多糖由相同的单糖组成，如淀粉、纤维素和糖原。低聚糖是替代蔗糖的新型功能性糖源，是面向二十一世纪未来型新一代功效食品。

3、用途不同：低聚糖广泛应用于食品、保健品、饮料、医药、饲料添加剂等领域。多糖在自然界分布极广，有的是构成动植物细胞壁的组成成分，如肽聚糖和纤维素，有的是作为动植物储藏的养分，如糖原和淀粉。

注意事项：

1、低聚糖跟膳食纤维一样，经过胃肠时不会被消化吸收。到了大肠那里有各种各样的细菌，其中一些可以分解利用可溶性的膳食纤维。

2、低聚糖相当于已经被切小了的膳食纤维，更加容易被细菌分解。如果一种低聚糖受益生菌喜欢，而不被坏细菌喜欢。

3、对于大多数人来说，没有多大必要去购买低聚糖保健品。低聚糖以及有类似功能的膳食纤维，在许多蔬菜水果中天然存在。除了低聚糖，天然果蔬还提供其他多种营养成分，比提取出来的保健品要经济实惠。