1、盐析法：多用于各种蛋白质和酶的分离纯化，不同蛋白质盐析所需要的盐饱和度不同，所以可通过调节盐浓度将目的蛋白沉淀析出。

2、等电点沉淀法：不同蛋白质的等电点不同，可用等电点沉淀法使它们相互分离。

3、有机溶剂沉淀法：多用于生物小分子、多糖及核酸产品的分离纯化，中性有机溶剂如乙醇、丙酮，它们的介电常数比水低。能使大多数球状蛋白质在水溶液中的溶解度降低，进而从溶液中沉淀出来，因此可用来沉淀蛋白质。