鱼主要是用鳃呼吸，水流从口流入及有鳃孔流出，在不断通过鳃的时候进行气体交换。因此鱼鳃有着特殊结构。鱼一般有5对鳃弓，内缘是鳃耙、外侧2个比列的鳃片，鳃片由无数的鳃丝排列构成，每条鳃丝又生出许多突起的鳃小片，鳃小片由2曾细胞组成，有着丰富的微血管，是气体交换的场所。相邻的鳃小片交错嵌合，水在其中对流，保证了血液与水之间的最大气体交换量。鱼并不是不能直接呼吸空气中的氧气，只是由于鳃的水适应性结构使得它在空气中不能获得充足的氧气。