1、氢燃料来源问题

想得到氢气可通过电解水，但不经济，能量损失极大。先从电解水开始，耗费电能，产生氢气，氢气再发电过程中还会有能量损失。电解水的电现在也是以煤电为主发出，烧煤发电也会有能量损失；

2、燃料安全问题

氢常温下，氢气的性质很稳定，不易跟其它物质发生化学反应。但当条件改变时（如点燃、加热、使用催化剂等），在高温、高压下,氢气甚至可以穿过很厚的钢板。不纯的氢气点燃时会发生爆炸；

3、原料环保问题

很多国家的氢燃料的生产以天然气作为生产原料，如果要电解水取得氢气，那需要很大的能量消耗，且要生产出能量值与普通汽油燃料相当的氢燃料，我们就需要大量的淡水资源，淡水同样也是地球稀缺的资源。而天然气也属于化石能源的范畴，那么使用它就必定会产生大量的二氧化碳，从这个层面上来讲，我们的氢能汽车并不环保。