1、毛文龙傲慢无礼。毛文龙对袁崇焕傲慢以至于袁崇焕东山再起后开始精心策划除掉毛文龙，离京出关之前，内阁辅臣钱龙锡亲自到其住所，询问五年复辽的方略。袁崇焕说：首先从东江做起。钱龙锡诧异地问道：为什么不从陆地进攻，而从海道呢，而且毛文龙用起来也未必很得力。袁崇焕说：毛文龙可用就用，不可用就杀了他，可以说袁崇焕早有杀毛文龙之心。

2、毛文龙私通敌国。以谋款则斩帅是同时被指控的两项罪状，所谓谋款是私下密谋与后金议和，所谓斩帅是诛杀了毛文龙，加到一起是指控他为了私下与后金议和而谋杀毛文龙。