苗种问题。小龙虾的繁殖比较特殊，繁殖的大部分过程在洞穴中完成，有腹部抱仔子习性，本身的怀卵量较小，一般在100粒至700粒，一只亲虾也仅能育出数十只、最多只有一二百只子虾，限制了苗种的规模化生产；饲料问题。对小龙虾的食性缺乏研究，没有饲料厂有专门螯虾料供应。养殖中食物不足或营养失调，迅雷虾有自相残杀的习性，硬壳虾对软壳虾的侵袭相当厉害。病害问题。自然水域中小龙虾抗病能力较强，不易得病，进行高密度养殖后，各种环境因子错综复杂，有可能发病，导致小龙虾全军覆没。掘穴问题。小龙虾有很强的生存能力，喜欢穴居生活，对池塘埂的破坏相当严重。