高温、过酸、过碱会破坏蛋白质的空间结构但不会破坏肽键，蛋白质水解酶可以破坏肽键。一般认为蛋白质的二级结构和三级结构有了改变或遭到破坏，都是变性的结果。能使蛋白质变性的化学方法有加强酸、强碱、重金属盐、尿素、丙酮等；能使蛋白质变性的物理方法有加热（高温）、紫外线及Ｘ射线照射、超声波、剧烈振荡或搅拌等。

肽键氨基酸通过肽键连接形成肽。

一分子氨基酸的α－氨基与另一分子氨基酸的α－羧基脱水缩合形成的共价键（ＣＯＮＨ）称为肽键。两分子氨基酸缩合成为二肽，二肽仍有自由α－氨基和α－羧基，能同样借肽键与其他氨基酸缩合成三肽，相同的反应可继续进行，依次形成四肽、五肽……通常由１０个以内氨基酸连成的肽称为寡肽；更多的氨基酸可连成多肽，氨基酸相互连接，形成长链，称为多肽链。