京东自营店加盟的方法是：

1、首先商家需要通过客服电话跟京东商城的总部取得联系，告知对方自己想要开设京东直营店的意愿；

2、其次是根据总部的要求，提交包含经营许可证之类的证明，并且跟总部进行实地的交谈，然后等待总部对其资格的审核；

3、审核通过之后，商家需要签订相关的合约和支付相关费用，接着就是在总部的协助和指导下进行直营店的开设。