北京交通大学运输学院下设运输管理工程系、交通工程系、交通信息管理工程系、城市轨道交通系以及系统工程与控制研究所、系统科学研究所。在提升学术实力，发挥“产学研”合作优势中，学院通过积极努力先后组建了北京交通大学综合交通研究中心、北京交通大学铁路危险货物运输研究实验室、交通运输国家级教学示范中心、城市交通复杂系统理论与技术教育部重点实验室，作为学校重点教学科研试验基地轨道交通控制与安全国家重点实验室的主要团队均为学院的骨干力量。另外学院还设有交通运输智能技术与系统实验室、电子商务实验室等教学科研实践基地。