瞳孔的颜色不同的原因有：

1、瞳孔的颜色取决于虹膜的颜色，因为虹膜上色素的不同，人的瞳孔才会出现有的是蓝色的，有的是黑色的；

2、人类眼球的虹膜由五层组织构成，五层组织是内皮细胞层、前界膜、基质层、后界膜和后上皮层，其中基质层、前界膜和后上皮层中含有许多色素细胞，在这些细胞中所含色素量的多少就决定了瞳孔的颜色；

3、色素细胞中所含色素越多，瞳孔的颜色就越深，眼珠的颜色也就越黑；而色素越少，瞳孔的颜色就越浅，则眼珠的颜色就越淡。