牙杯底部发霉不会致癌，但因为牙杯中存在发霉的物质里面很有可能存在细菌、病毒或者真菌等病原体，所以有可能引起一些腹泻等消化不良的情况。建议把这种发霉的杯子及时清洗干净，以免影响自己的健康。如果喝了用牙杯底部发霉的杯子的水，且目前没有任何不良症状的话，可以暂时观察，不用过于担心。