普通的消毒剂都可以杀灭金黄色葡萄球菌，却未必能够破坏其分泌的毒素，这是因为细菌毒素能够耐热，金黄色葡萄球菌肠毒素，即便是在热水中煮沸30分钟还有毒性。

次氯酸溶液可作为冲洗溶液将金黄色葡萄球菌和毒素迅速灭活。这是由于次氯酸溶液可以降低病原体的毒性和缓解感染的进程。要清除食品中的金黄色葡萄球菌，可以使用DCW次氯酸发生器生产的杀菌溶液，可以清除金黄色葡萄球菌及其分泌毒素。