原核生物利用细胞膜和细胞质的酶系进行有氧呼吸。

第一个阶段发生的场所在细胞质内，产生的丙酮酸进入三羧酸循环，被彻底氧化生成二氧化碳和水，同时释放大量能量。因其呼吸链组分在细胞膜上，所以主要在细胞膜上进行。

有的原核生物如乳酸菌、产甲烷杆菌等，没有与有氧呼吸有关的酶，因此，只能进行无氧呼吸。