绳文时代的居所是人们自己建造的竖穴式房屋，但也有利用自然山洞和岩下作为住处的，竖穴式的房屋是从地面下挖50公分左右，四周用几根木柱支撑屋顶。

绳纹早期的村落大都在丘陵和台地顶端或斜坡上，一般规模小，延续时间短，这是当时人们为了寻找食物不断迁徒的缘故。