摩托车协议过户有法律效力。协议是具有法律效力的，摩托车属于动产，摩托车的所有权转让是以交付为生效要件。使用自制合同的，当事人在过户申请前应委托经市房地局认定的法律服务机构进行预审，法律服务机构对符合规定的自制合同，提出预审合格意见。

过户申请书的概念是指按照法律规定采用正常的程序，把本属于一个所有人的事物变为另一个所有人，房产、车辆、记名有价证券等在买卖、继承或赠与时，依照法定手续更换物主姓名的各种申请书。