1、在君主制度的问题上，朱元璋废除了宰相，这样文官政府直接受皇帝管理，而不需要经过另一人受理，因此皇帝的权力达到了顶峰，自此时，皇帝将军事政治宗教各种权力集合于一身，成为了制度上彻底的独裁者。

2、设立了锦衣卫制度，这种制度在国家的监察机构上又增加了皇帝的私人机构，导致了政府的权力被皇帝的私人权力所矮化，因为锦衣卫乃是皇帝私人的机构，行驶皇帝个人的意志，政府的部分监察权力实际上被架空，大大强化了皇帝个人对国家的控制。

3、军事上，朱元璋大力弱化将领的权力，将统兵权掉兵权分开，统兵的五军都督府将领在出征时由皇帝任命，在军队中也安插文官或者内廷太监监军，将军事权力牢牢地抓在自己手中，最大限度地保证了军队的稳定。

4、人事上，国家的官员任命，各级调动必须要经过皇帝批示，内阁根本无权干预这个事情，文官政府受到重创，国家机器无法正常运转，为明代的灭亡埋下伏笔。