核酸序列分析：生物信息学应用中的一个重要方面。基于已有知识所形成的核酸序列数据库以及在此基础上所形成的二级数据库，对未知核酸序列的分析及功能预测具有重要的参考价值。蛋白质序列分析：蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成、分子质量、等电点、亲水性和疏水性、信号肽、跨膜区及结构功能域的分析等，蛋白质的很多功能可直接由分析其序列而获得。基因识别：非编码区分析研究，基因识别的基本问题是给定基因组序列后，正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置。非编码区由内含子组成，一般在形成蛋白质后被丢弃，从实验中，如果去除非编码区，不能完成基因的复制。分子进化和比较基因组学：分子进化是利用不同物种中同一基因序列的异同来研究生物的进化，构建进化树。序列重叠群装配：根据现行的测序技术,每次反应只能测出500个或更多一些碱基对的序列。