磷酸基团是一个集团，带电，可以和其他物质结合。磷酸是分子，从本质上来看不是同一种物质。

磷酸是一种独立存在的物质，磷酸基团是通过化学键连接在其他物质上时的磷酸，磷酸基团是不能独立存在的。

DNA与ATP中叫法不同是因为：

DNA稳定，DNA上的磷酸一直存在于DNA上，只有一种形态，无需多种叫法，称之为磷酸即可，也可叫做磷酸基团。

ATP不稳定，ATP上的磷酸易水解，这时磷酸基团就会变成磷酸，所以为磷酸基团。