长期使用能使口腔黏膜表面与牙齿着色，舌苔发黄，甚至会使味觉发生改变。故该药物连续使用不宜超过3个疗程。

氯已定漱口水为阳离子表面活性剂，有广谱杀菌、抑菌作用，抗菌谱包括革兰阳性和阴性菌、真菌以及某些病毒。氯已定吸附于细胞壁后，改变其表面结构和渗透平衡，胞浆成分渗漏，高浓度时可使胞浆凝固，抑制了细胞壁的修复，这种作用方式不易产生耐药性。